Otros mamíferos de la reserva incluyen los búfalos, babuinos, gacelas de Grant, dik-diks de Kirk y klipspringers, estos últimos en las laderas rocosas al sur y este del lago.

Al igual que en el resto de lagos del Rift Valley, las aves son abundantes y variadas en Bogoria. El lago es regularmente visitado por miles de flamencos mayores y menores, que se reúnen sobre todo en la orilla opuesta a las aguas termales. Sin embargo, ocasionalmente la curiosidad también mata al flamenco, algún ejemplar desprevenido muere víctima de las emanaciones sulfurosas y las altas temperaturas. La reserva cuenta además entre otras aves con buitres, avutardas, alondras y rapaces, entre las que destacan las águilas pescadoras, que debido a la ausencia de peces suelen picar sobre los flamencos.

En los últimos años, la mortalidad de los flamencos menores ha aumentado de forma alarmante, replicando la epidemia de muertes de estas aves que acaeció en 1994-95, especialmente en el lago Nakuru. Aparentemente, este suceso se debe al envenenamiento de las aguas por toxinas y metales pesados como consecuencia del sobrecrecimiento de especies tóxicas de algas en las aguas del lago, que los flamencos filtran a través de sus picos para alimentarse.